I januar 2010 ramte et voldsomt jordskælv Haiti. 300.000 mennesker døde under jordskælvet. Efterfølgende forværrede et voldsomt udbrud af kolera situationen for de overlevende. Koleraudbruddet er i dag under kontrol, selv om der stadig er folk der bliver syge. Indtil videre har næsten 400.000 været ramt af sygdommen, og cirka 6.000 er døde.
Nu har forskere fra Danmarks Tekniske Universitet (DTU) og TGen (Translational Genomics Research Institute, fra Arizona, USA) fundet frem til, at kolerastammen kommer fra Nepal, og at den formentligt blev bragt til Haiti af nepalesiske soldater, der deltog i nødhjælpsarbejdet.
Resultatet er netop offentliggjort i mBio, som er et nyt online magasin, der er skabt gennem et samarbejde mellem American Society of Microbiology og American Academy of Microbiology.
»Vores forskning skal ikke bare bruges til at se bagud som i tilfældet med Haiti. Der er et behov for, at vi i fremtiden kan lave mere præventive tiltag ved sygdomsudbrud. Smitsomme bakterier som f.eks. kolera har stor indvirkning på befolkningen i katastrofeområder, specielt når infrastrukturen er ødelagt. Vi ser det samme nu på Afrikas horn. Min anbefaling er, at man fremover undersøger folk for smitsomme sygdomme, inden man sender dem ind i et følsomt område,« siger Professor Frank Møller Aarestrup fra DTU Fødevareinstituttet.
Kolera er udbredt sygdom i Nepal
Forskerne fra DTU og TGen sekventerede hele kolerastammens DNA for at fastslå, at det var den samme stamme, som findes i Nepal. De undersøgte DNA i 24 forskellige koleraprøver fra Nepal og sammenlignede det med DNA fra 10 forskellige koleraprøver fra Haiti.
Prøverne viste sig at være næsten identiske, hvilket fik forskerne til at konkludere, at den haitianske kolera kom fra Nepal med nepalesiske soldater, der deltog i nødhjælpsarbejdet.
I Nepal er kolera udbredt, og der var allerede spekuleret i, at koleraen var kommet derfra, da udbruddet startede kort efter deres ankomst. Nu er det bekræftet.
»Vi har ingen intentioner om at pege fingre af nepaleserne. Men vores samarbejdspartnere i Nepal henvendte sig til os, fordi de ikke selv var i stand til at fastslå, om koleraudbruddet på Haiti egentlig kom fra de nepalesiske nødhjælpsarbejdere, sådan som mange havde spekuleret i. Man skal huske på, at der opstod optøjer og demonstrationer på baggrund af koleraudbruddet,« fortæller Frank Møller Aarestrup.
Samme teknik blev brugt til at finde kilden til miltbrand-brevene i 2001
Blandt forskerne bag undersøgelsen er også professor Paul Keim fra Nothern Arizona University, der var med til at pionere brugen af DNA-sekventering til at finde kilder til smitteudbrud. Teknikken viste sit værd i forbindelse med miltbrand-brevene, der dræbte fem personer i 2001.
I forbindelse med miltbrand-brevene assisterede Paul Keim FBI i deres efterforskning for at finde kilden. Samme teknik blev benyttet i forbindelse med koleraudbruddet på Haiti.
Teknikken reducerer kraftigt omkostningerne ved at lave en fuld DNA-profil af smitsomme sygdomme, hvilket gør det muligt at benytte den i tilfælde at nye sygdomsudbrud.
Teknikken nedbryder DNA i små stykker, og en computer sætter stykkerne sammen, så man får den fulde DNA-profil. På den måde kan man lave en helt nøjagtig sammenligning af to forskellige bakterier og fastslå, om de er ens. Tidligere sammenlignede man kun stykker af DNA, hvilket er mere upræcist.
»Prisen for total-sekventering af et DNA er raslet ned. I dag koster det kun omkring 2.000 kroner at få den fulde DNA-profil for en bakterie. Den mulighed har vi her på DTU, og det har de også hos TGen, men ikke i Nepal. På den baggrund var det meget naturligt, at vi hjalp dem med at løse problemet,« forklarer Frank Møller Aarestrup.
Bedre DNA-analyser gør arbejdet hurtigere
Vi lever i en global verden, der hele tiden bliver mindre. Mennesker kan flytte sig meget hurtigt fra den ene ende af verden til den anden, og bakterierne har derfor muligheden for at flytte med.
Derfor er det nødvendigt, at vi har muligheden for hurtigt at identificere hvilke bakterier, der kommer hvorfra, så vi kan gå tilbage og stoppe kilden fra at sprede sig yderligere.
»Det er noget, jeg gerne vil slå på tromme for. Det er ikke nyt, at der er et behov for global overvågning af sygdomsudbrud. Vi skal vide, hvad vi har hvor henne, før vi kan agere på det.«
»Desuden er det vigtigt, at vi får standardiseret vores information og får lavet bedre informationsudveksling, så vi bedre og hurtigere kan sammenligne den ene bakteriestamme med den anden. Når vi laver en total-sekventering, kan vi sammenligne bakterier helt præcist, og derfor var det meget nemt at finde ud af, at kolerabakterien på Haiti havde sin oprindelse i Nepal,« afslutter Frank Møller Aarestrup.
