Det er ikke hver dag, en forsker bliver ringet op af den anerkendte 'opskriftssamling' Nature Protocols og spurgt, om han vil bidrage til samlingen af metodeforskrifter for forskere. Men det er sket for Svend Binnerup, der er seniorforsker ved Danmarks Miljøundersøgelser (DMU).
Sammen med tre australske kolleger har han udviklet en ny metode til dyrkning af jordbakterier, og den er så interessant, at de blev kontaktet af Nature Protocols, som er en online samling af opdaterede metoder.
15 års interesse
Dyrkning af bakterier i laboratoriet kan være lidt af en udfordring. Normalt sker dyrkningen på sterile agarplader, men her vil mindre end en procent af bakterierne fra miljøet vokse frem. Det vil sige, at der er en stor fraktion af bakterier, som man ikke kan dyrke.
Spørgsmålet om 'hvorfor' har haft Svend Binnerups interesse gennem 15 år, og sammen med tre australske kolleger har han udviklet en mikrokultiveringsmetode til jordbakterier.
I stedet for dyrkning på en traditionel agarplade lod de jordprøven filtrere gennem en polycarbonat membran, der efterfølgende inkorberes på opvædet ikke-steril jord.
\ Fakta
NATURE PROTOCOLS
I 2006 blev Nature Protocols dannet som en del af Nature Publishing Group. Nature Protocols er en online samling af metodeforskrifter, der fungerer som en slags opskriftssamling. Metoderne er ikke primær forskning, men resultatet af forskning der tidligere har været offentliggjort.
På membranen vokser bakterierne på jordmediets naturlige kulstof, hvor mineralsammensætning og affaldsstofferne nedbrydes af det overvældende antal bakterier i det usterile jordmedium. Resultatet er en mangfoldighed af mikrokolonier, som ved hjælp af teknikken 'fluorescent in sito hybridisering' nu kan identificeres ved fluorescensmikroskopi.
Metoden har afsløret bakterier, det hidtil ikke har kunnet lade sig gøre at dyrke, og bakterier man ikke før har fundet i almindelig jord.
Overlevelsen mangler
Det lykkedes altså Svend Binnerup og hans kolleger at få bakterierne til at vokse til mikrokolonistørrelse på polycarbonatmembranen, men det kunne endnu ikke lade sig gøre at isolere dem og få dem til at overleve på et kunstigt laboratoriemedium.
Denne detalje blev den afgørende faktor for at få metoden udgivet.
»Vi forsøgte at udgive resultaterne i et europæisk tidsskrift, men her er der en anden videnskabelig tradition omkring mikrobiologi end i USA. Europæerne havde et stort forbehold overfor bakteriernes manglende overlevelse efter dyrkning, hvorimod amerikanerne kunne se, at vi med metoden var nået et skridt på vejen« siger Svend Binnerup.
Arbejdet blev derefter optaget i det anerkendte Amerikanske tidsskrift Applied and Environmental Microbiology (AEM) i 2005.
Nature Protocols henvendte sig
Den specielle metode til dyrkning af bakterier må have fanget Nature Protocols interesse, da tidsskriftet i starten af året opfordrede forskerne til at indsende et manuskript, som beskriver metoden i det helt specielle protokolformat, som er karakteristisk for tidsskriftet.
»Nature Protocols er en helt ny måde for os at dele protokoller på. Fordi den er online, har vi mulighed for at revidere i 'opskriften', hvis metoden senere hen forbedres. Yderligere findes der et diskussionsforum. Alt i alt kan denne online samling være med til at skabe en vis standardisering i laboratoriemetoder fremover,« siger Svend Binnerup.
Metodeforskriftet udkom på Nature Protocols i august.
Artiklen er lavet i samarbejde med Danmarks Miljøundersøgelser, Aarhus Universitet
